お互いに親権を譲らない場合には、裁判所に判断してもらうことになりますが、裁判所は、これまでの監護実績や、現在の監護状況を特に重視し、それに加えて夫婦双方の養育能力や、お子様の年齢によってはお子様の意思も考慮して判断しています。

そのため、これまでお子様の世話は専業主婦であった奥様が見ており、さらに奥様がお子様を連れて別居しているような状況であれば、よほど奥様側に養育能力が欠ける事情（重度の精神病や、ネグレクトなど）が無ければ難しいと思われます。逆に、これまで夫婦共働きで、育児を分担して行っており、現在夫側にお子様が残っており、奥様が家を出ているような状況であれば、親権を取りやすいと思われます。

これは個別の事案によって異なりますので、まずは弁護士に相談し、具体的な事情を踏まえて親権を取ることができる可能性を模索することが良いと思います。親権は、最終的にはお子様のためにどちらが親権を持つことが良いのか、ということに尽きますので、自分の考えだけでなく、第三者の視点から状況を見てもらうことが重要です。